Этот релиз дает возможность легко создавать собственные дистрибутивы на базе Scientific Linux. Эта возможность была удалена из SL 5.0. Возвращены некоторые из тех пакетов, которые не вошли в SL 5.0, а также несколько новых пакетов. Scientific Linux релиз 5.1 базируется на реконструированных RPM от Enterprise 5 Server и Client, включая Update 1. Также включает список всех патчей до 16 января 2008.
Некоторые из дополнительных программ, добавленных в Scientific Linux: